Kad su prvi brodovi i helikopteri stigli u pomoć trajektu "MS Estonia", nisu naišli na mnogo preživjelih. Na brodu koji je plovio Baltičkim morem iz Talina do Štokholma ukrcalo se 989 ljudi - 803 putnika i 186 članova posade. Preživjelo ih je tek 137.

To je najpoznatija pomorska katastrofa od potonuća "Titanika". Putnici su bili većinom skandinavski turisti. Brod je potonuo tokom noći, između 1 i 2 sata ujutro. Dijelovi broda počeli su se lomiti, a brod naginjati i tonuti. 

Prvi znak da je nešto pošlo po zlu pojavio se iza ponoći kada se čuo glasan zvuk na brodu, no niko nije mogao vidjeti nikakvo oštećenje pa je put nastavljen. Samo petnaestak minuta kasnije otpala je rampa za ukrcaj vozila i voda je počela prodirati na palubu na kojoj se prevoze automobili. 

Upućen je poziv za pomoć. No, more je nezadrživo počelo nadirati u brod. Zbog pritiska vode putnicima je bilo nemoguće probiti se do palube pa su ostali zarobljeni u svojim kabinama. Nestalo je struje, otkazali su svi sistemi.

Prilikom poziva u pomoć posada nije koristila engleski jezik. Brod je potonuo vrlo brzo oko 41 kilometar od finskog otoka Utö na dubini između 75 i 85 metara. Dio preživjelih smrznuo se u vodi.

Smrt su izbjegli uglavnom muškarci i mladi, a nije preživjelo nijedno dijete mlađe od 12 godina. Samo sedam osoba starijih od 55 godina ostalo je živo. Među stradalima je bio i poznati estonski pjevač Urmas Alender.

Poginuo je 501 Šveđanin, 285 Estonaca, 17 Latvijaca, 10 Finaca, 10 Nijemaca, 6 Norvežana, 11 Rusa, pet Danaca, tri Litvanca, dva Marokanca, te po jedan Nizozemac, Nigerijac, Ukrajinac i Britanac.

Čak je oko 650 ljudi potonulo zajedno s brodom. I danas nedostaje gotovo 757 tijela. Iako je nakon tragedije obećano da će se tijela izvaditi iz dubine, na kraju se to nije napravilo te je zaključeno da se neće moći sva tijela izvući na površinu. Stoga su tri vlade - švedska, finska i estonska proglasile mjesto potonuća grobnicom.

Zbog velikog broja mrtvih kolale su i teorije da su strane vlade potopile brod s ciljem da sakriju dokaze krijumčarenja vojne opreme iz Rusije u Švedsku.

Službena istraga zaključila je da je brod potonuo zbog loma rampe pramca jer je vozio prebrzo po uzburkanom moru. Niko nije proglašen službeno odgovornim.