Tokom Drugog svjetskog rata došlo je do gašenja postojećih političkih stranaka u Bosni i Hercegovini. Politički život zemlje postao je direktno vezan uz vojne pokrete koji su djelovali na teritoriji BiH i Jugoslavije. Okupacijom od Njemačke došlo je istovremeno do brutalnog građanskog rata. Na teritoriji BiH tokom Drugog svjetskog rata možemo razlikovati četiri ključna vojno-politička pokreta.

BiH u NDH

Nakon njemačke i italijanske okupacije, Bosna i Hercegovina postala je dio novoformirane Nezavisne Države Hrvatske (NDH). Nakon što je Vladko Maček, predratni lider HSS-a i vođa Hrvata, odbio prijedlog Njemačke da prihvati vođenje Hrvatske, vlast u ovoj marionetskoj državi preuzeli su ustaše, ekstremna fašistička organizacija, s Antom Pavelićem na čelu, koja je 1934. organizirala atentat na kralja Aleksandra Karađorđevića i prije rata je djelovala u dijaspori. Nedugo nakon uspostave vlasti ustaše su počele s masovnim zločinima nad srpskim stanovništvom, koji su vrhunac dostigli formiranjem logora smrti za Srbe, Jevreje, Rome, Hrvate i Bošnjake antifašiste, od kojih je najzloglasniji bio Jasenovac.

Uz Pavelića i novu ustašku vlast stao je jedan broj političara iz BiH. Među njima je bio Nikola Mandić, predsjednik Hrvatske narodne zajednice (HNZ), vodeće hrvatske stranke tokom vladavine Austro-Ugarske, koji je u septembru 1943. bio imenovan za predsjednika tadašnje vlade NDH. Od muslimana, ustaškoj vlasti od prvog dana pridružili su se Hakija Hadžić i Ademaga Mešić, prijeratni lideri muslimanskog krila HSS-a i zagriženi hrvatski nacionalisti.

Ipak, najzvučnije ime među onima koji su se priključili novim vlastima bilo je Džafer-beg Kulenović. On je bio predsjednik JMO-a nakon smrti Mehmeda Spahe. Nakon početnog nećkanja, Kulenović je u avgustu preuzeo Ministarstvo pravosuđa i bogoštovlja te mjesto potpredsjednika Vlade NDH. U toj vladi iz BiH su učestvovali i Džaferov brat Osman Kulenović, Hilmija Bešlagić te Mehmed Alajbegović.

Pored velikohrvatskog nacionalističkog pokreta, velikosrpski četnički pokret Draže Mihailovića imao je za cilj obnoviti Jugoslaviju, s dinastijom Karađorđevića na čelu, ali unutar nje formirati „veliku Srbiju“ kao jednu od federalnih jedinica. Ratne ciljeve četničkog pokreta definirao je banjalučki advokat Stevan Moljević.

U junu je napisao koncept „velike Srbije“, u kojem je stajalo da bi prema zapadu trebalo uključiti čitavu Bosnu i Hercegovinu te dijelove Hrvatske. Pored Srbije, Jugoslavija bi imala još dvije federalne jedinice: teritorijalno umanjenu Hrvatsku te Sloveniju. Moljevićeva homogena Srbija je trebala biti „očišćena“ od Hrvata i muslimana.

Ovaj plan se u praksi počeo ostvarivati kroz masovne zločine četničkih jedinica nad Hrvatima i naročito muslimanima, u kojima je posebno stradalo stanovništvo u istočnoj Bosni i Sandžaku. Zanimljivo je to da su četničkom pokretu Draže Mihailovića pristupili i pojedini muslimani, od kojih su najpoznatiji bili Ismet Pupovac i Mustafa Mulalić. Iako su u početku četnici, s Mihailovićem na čelu, predstavljali grupu koja je odbijala prihvatiti kapitulaciju Kraljevine Jugoslavije te su ih SAD i Ujedinjeno Kraljevstvo priznavali kao svoje savjetnika, ubrzo će prijeći u otvorenu kolaboraciju s fašističkim okupatorima.

Autonomaški pokret

Među bh. muslimanima došlo je i do formiranja vlastitog autonomističkog pokreta. Neformalni vođa bio mu je Uzeir-aga Hadžihasanović, sarajevski trgovac i prijeratni visokopozicionirani član JMO-a, a uživali su otvorenu podršku vjerskih krugova. Autonomaši su bili negativno nastrojeni prema ustašama, ali su, s druge strane, bili otvoreni za saradnju s Nijemcima. Zagovarali su izdvajanje BiH iz NDH i njeno direktno priključenje Hitlerovom Rajhu, uz dobivanje autonomije. 

Krugovi okupljeni oko grupe autonomaša tokom Drugog svjetskog rata izdali su niz rezolucija u kojima su jasno osuđivali ustaške zločine, upozoravali kako ustaše svojim pokoljima direktno potiču sukob pravoslavaca i muslimana, osuđivali su muslimane koji su učestvovali u zločinima te pozivali Njemačku na davanje autonomije BiH. 

Djelovanje ovog autonomaškog pokreta 1943. iskoristio je i drugi čovjek Rajha Hajnrih Himler (Heinrich Himmler). Otpor ustašama i orijentiranost prema Njemačkoj Himler je vidio kao dobru priliku da muslimane upotrijebi direktno za njemačke vojne ciljeve. Uz pomoć lidera autonomaškog pokreta, formirana je Handžar divizija, u kojoj su pretežno bili muslimani, kao SS-divizija koja je bila direktno pod kontrolom njemačke komande.

Tito i partizani

I na teritoriji Bosne i Hercegovine djelovao je Narodnooslobodilački pokret (NOP), predvođen Josipom Brozom Titom. Iako je zvanično bila zabranjena, Komunistička partija Jugoslavije u periodu prije Drugog svjetskog rata djelovala je u ilegali. Početkom Drugog svjetskog rata Komunistička partija dala se u organizaciju vlastitog antifašističkog pokreta.

Termin „narodno oslobođenje“ označavao je u komunističkoj terminologiji oslobođenje svih naroda i narodnosti Jugoslavije od okupatora, ali i borbu protiv srpskih, hrvatskih i slovenskih „reakcionarnih kapitalističkih klika“, koje žele, „pomoću engleskog imperijalizma, uspostaviti ono staro stanje koje je upropastilo narode Jugoslavije“. Značio je, također, borbu za „bratstvo naroda Jugoslavije i svih naroda na Balkanu“ te „čuvanje jedinstva radničke klase“ (Prvomajski proglas CK KPJ i dokument Majskog savjetovanja KPJ u Zagrebu, 1941.). Tako je, već prije početka ustanka, proklamiran cilj provođenja socijalističke revolucije istovremeno s borbom protiv okupatora („nacionalno i socijalno oslobođenje“).

Kasnije je taj cilj u službenim dokumentima iz taktičkih razloga prikrivan, ali je u svakodnevnoj promociji imao golem značaj i utjecaj na mase. Pokret se kroz godine rata sve uspješnije razvijao na svim područjima predratne Kraljevine Jugoslavije.

Kao vojne jedinice, osnovani su narodnooslobodilački partizanski odredi, koji su u novembru 1942. godine prerasli u Narodnooslobodilačku vojsku Jugoslavije. Iako je u početku u BiH uglavnom uživao podršku srpskog stanovništva, kojem je partizanski pokret pružao zaštitu i utočište od ustaških pokolja, vremenom će i muslimani te, u manjoj mjeri, bh. Hrvati početi masovnije pristupati partizanima. U konačnici će NOP, pored izrazite antifašističke borbe, postati i pokret koji se u pravno-političkom smislu borio i za vraćanje državnosti Bosni i Hercegovini.

Centar Jugoslavije

Bosna i Hercegovina je veći dio rata bila poprište najtežih bitaka i većine okupatorsko-kvislinških ofanziva, poput Kozare 1942., Neretve i Sutjeske 1943. i Drvara 1944. godine. U BiH su se tokom rata desili i politički događaji presudni za ustroj nove Jugoslavije, poput Prvog i Drugog zasjedanja AVNOJ-a. Borbe za oslobođenje BiH započele su jula 1944., a završile 1. maja 1945. godine.