Kako partijske organizacije na fakultetu nisu reagirale na očiti poziv da stupe u akciju, u akciju je stupio tadašnji rektor i član CK SKBiH, inače poznati prijeratni ljotićevac Zdravko Besarović, koji je u Univerzitetskom komitetu pokrenuo i ishodio nalog da se stvar stavi na dnevni red osnovne organizacije, a i sam je došao na sastanak kao delegat CK SKBiH.

Srpski nacionalisti 

Budući da taj čovjek nije imao nikakvog stvarnog autoriteta i ugleda, na sastanku je njegovo prisustvo ostalo nezapaženo i svi učesnici, izuzimajući Šefkiju Žuljevića, izjavili su da u eseju ne vide nacionalizam ili šovinizam, pogotovo antisrpstvo ili nešto slično i da stvar treba da ostane literarni spor i ništa više, odnosno da se rasprava nastavi u časopisu u kojem je esej objavljen i u kojem je kritiziran, odnosno da treba, u najmanju ruku, sačekati odgovor autora na kritiku njegovog teksta.

Tadašnji rektor Besarović je podnio izvještaj CK SKBiH u kojem je ponašanje organizacije ocijenio kao otvoreno protivljenje politici CK i skretanje u muslimanski nacionalizam, uzrokovano utjecajem profesora Filipovića, a na temelju tog izvještaja je Cvijetin Mijatović sazvao Plenum CK, koji je osudio moj tekst i moje stavove proglasio za nacionalističko skretanje i isključio me iz članstva SK. Tako mi je priredio čast da pored Rankovića, Đilasa i nekoliko sličnih i poznatih političkih funkcionera i ja, jedan profesor, doživim da me Plenum CK isključuje iz stranke u kojoj sam bio član od 1944. godine.

Ono što je interesantno u ovoj historiji sastoji se u tome da je Mijatović šutio i čekao te u akciju stupio tek kad je umro moj brat Safet. Safet je umro 27. marta 1967., a Plenum je održan 2. aprila iste godine. Ja sam iz razgovora s bratom znao da je on bio jedan od isljednika u slučaju saradnje Rodoljuba Čolakovića i Cvijetina Mijatovića sa četnicima i sa Jezdimirom Dangićem kad su obojica dobili snažnu kritiku Tita za političku saradnju sa četnicima i mislim da je upravo taj moment bio razlog njegovom oklijevanju da poduzme energičnu akciju protiv mene.

U tome je išao tako daleko da je izjavio „da su prilike drugačije, mi bismo s tim Filipovićem govorili preko cijevi“, na što sam mu ja odgovorio da sam i ja iz rata izašao naoružan i da moja krajiška narav sadrži načelo svakom odgovoriti jednakom mjerom, a taj odgovor sam mu kazao u prisustvu njegovog dobrog prijatelja i vjernog saradnika Nijaza Dizdarevića u Nijazovom kabinetu kad me je Nijaz pokušao predstaviti Cvijetinu, a ja ga prekinuo i kazao da se mi već dugo poznajemo i kada sam mu rekao da znam za njegovu izjavu o pušci i cijevi.

Bilo kako bilo, stvar se od tog dana odvijala tako da je akcija protiv mene jačala sve do ljeta, tj. do Univerzitetske konferencije, na kojoj je tadašnji rektor Fazlija Alikalfić održao govor posvećen u cjelini mom velikom grijehu, ali je taj govor ostao bez odjeka i došlo je do demonstracije koja je bila neobična za tadašnje uvjete, tj. dvojica vrhunskih ljudi iz CK, nakon što je Alikalfić završio govor o ogromnoj opasnosti muslimanskog nacionalizma Muhameda Filipovića za Univerzitet, demonstrativno su ustala iz prvog reda i prišla u zadnji red gdje sam ja sjedio, uzela me pod ruku i prevela u prvi red da sjedim pored njih.

Bio je to jasan znak da se mnogi ljudi u CK ne slažu s politikom Mijatovića prema meni i prema muslimanima uopće, da je ona bila kompromitirana ne samo svojom žestinom, svojim trećerazrednim nosiocima i izvršiocima, a to su bili sve već jasno dokazani srpski nacionalisti i njihove sluge, nego da odudara od cijele tendencije političkog razvoja u zemlji koji se neumitno kretao ka rješenju nacionalnog pitanja muslimana kao najurgentnijeg društvenog i historijskog problema zemlje.

Vijeće Filozofskog fakulteta odbilo je i samu pomisao o mome isključenju i unaprijedilo me u zvanje redovnog profesora, a tri najuglednija i najutjecajnija profesora srpske nacionalnosti Branislav Đurđev, Milorad Ekmečić i Svetozar Koljević izjavili su kako nema govora o tome da je Muhamed Filipović nacionalista, a u univerzitetskoj komisiji propao je pokušaj Smilje Mučibabić, tadašnje prorektorice zadužene za potvrdu izbora, da dovede u pitanje moj izbor, a što su profesori Đurđev i Hamid Pašić raskrinkali kao bijednu i neodrživu političku intrigu.

Smiljina komisija 

Mučibabić je, opravdavajući svoj pokušaj, rekla kako ona nije mogla potvrditi izbor čovjeka koji je napisao jedan esej u kojem stoji da postoji nekakav bosanski duh, dok su njenog brata ubile ustaše 1941. godine.

Mene je takva njena izjava natjerala da kažem kako sam veoma ožalošćen što su ustaše ubile njenog brata, ali da su ustaše ubile i mog oca i da su dva moja brata poginula boreći se protiv ustaša i četnika, kao i da je moja sestra poginula kao borac NOB-a, a ja sam sa četrnaest godina postao partizan i bio borac 13. udarne brigade 39. divizije 5. korpusa NOV-a, dok je drugarica Smilja službovala u Krapini kao profesor prirodopisa sve do kraja postojanja NDH, što znači da ona nije uopće mrzila ustaše, nego muslimane, kako to pokazuje cijela njena karijera, jer je osporila napredovanje i Hasanu Hadžiomeroviću i Besimu Ibrahimpašiću i Mahmutu Aganoviću, a evo i meni i to su jedini slučajevi u kojima je njena komisija osporavala nekome izbor.

Sve je to bilo jasan znak, čak i Mijatoviću, da njegova moć ne može osigurati ovako očevidno moralno i naučno, a pogotovo političko nasilje i praktični šovinizam, da prijetnje koje su još dolazile raznim putevima do mene nemaju više ubojitu moć, zbog čega sam bio sve sigurniji da je ono što su planirali moji neprijatelji propalo.

Kad sam iz jednog sigurnog izvora (samog izvršioca paljevine) saznao da je tadašnji dekan Filozofskog fakulteta Svetozar Toza Marković naredio da se spali oko 500 protestnih pisama koja su stigla u dekanat, a u kojima su razni ljudi iz svih krajeva Bosne i Hercegovine protestirali protiv progona profesora Filipovića, a lično sam vidio pismo koje je hodža Biber iz Bjelimića uputio u znak protesta zbog progona čovjeka koji je rekao da postoje muslimani kao narod i kulturna zajednica, bilo je jasno da se stvar okrenula i da su samo još oni koji su bili slijepi od mržnje mislili da mogu da mi naude na način kako su prvobitno zamislili i predlagali.

A kako su oni to zamišljali, otkrio mi je moj prijatelj i čovjek kojeg sam veoma volio i koji je mene volio, naš veliki historiograf Hazim Šabanović.